કચ્છના નાના રણની જૈવિક-વિવિધાતાને નર્મદા કેનાલના પાણીથી ખતરો ઊભો થયો છે. એમાંય ઘૂડખર મુદ્દે જર્મનીમાં યોજાયેલી વૈશ્વિક કોન્ફરન્સમાં રજૂ થયેલા રિપોર્ટમાં આ મુદ્દો ચર્ચાયો હતો. જો નર્મદાનું પાણી નાના રણમાં જતું અટકાવવામાં નહીં આવે તો કચ્છનું નાનુંરણ ઘૂડખર અભયારણને બદલે પક્ષી અભયારણય બનીને રહી જશે. હાલમાં કચ્છના નાના રણમાં નર્મદાના પાણીના થતા વેડફાટથી રણની ઈકો-સિસ્ટિમને પારાવાર નુકસાન થઇ રહ્યું છે. રિપોર્ટમાં ટાંકવામાં આવેલા મુદ્દાઓમાં કેનાલનું પાણી કચ્છના નાનારણમાં છોડવાના કારણે ગાંડો-બાવળ, લાલટેના જેવી આક્રમક પ્રજાતિની વનસ્પતિના રણમાં પ્રસરવાને વેગ આપે છે.
આ વનસ્પતિ સ્થાનિક વનસ્પતિ ખાસ કરીને ઊંટ-મોરાડ, લૂણી વગેરે જેવી સ્થાનિક વિવિધતાને કાયમ માટે ખતમ કરે છે, જેનાથી ઘૂડખર અને અન્ય વન્ય-જીવોને ખોરાક મળતો નથી અને ખોરાકની શોધમાં તે રણની કાંધિની બહારના વિસ્તારો અને તે ઓળંગી બહાર વસવાટ કરવા મજબૂર થાય છે.