સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીમાં પીએચ.ડી.માં એડમિશનનો મુદ્દો વિવાદમાં આવ્યો છે કારણકે સૌપ્રથમ રાજ્યની સંભવત: એકમાત્ર સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટી પીએચ.ડી.માં એડમિશન માટે NET ( નેશનલ એલિજિબિલિટી ટેસ્ટ) ફરજિયાત હોવાનું જાહેર કરાયું જોકે બાદમાં નેટ ની પરીક્ષા પાસ થયેલા વિદ્યાર્થીઓની સંખ્યા ખૂબ જ ઓછી હોવાથી યુનિવર્સિટીના 29 વિષયમાં Ph.D. ની 224 માંથી 171 સીટ ખાલી રહી. માત્ર 53 સીટ જ ભરાઇ. જેથી મોડે મોડેથી એવો નિર્ણય કર્યો કે હવે જીસેટ અને JRF પરીક્ષા પાસ કરેલી હોય તેવા વિદ્યાર્થીઓ પણ એડમિશન મેળવી શકશે જોકે તેમાં અગાઉ પીએચ.ડી.ની પ્રવેશ પરીક્ષા પાસ કરેલા વિદ્યાર્થીઓને વંચિત રાખી દેવામાં આવ્યા જેને લઈને સૌરાષ્ટ્ર કોંગ્રેસ પ્રવક્તા અને વિદ્યાર્થી આગેવાનના નેતૃત્વમાં વિરોધ પણ થયો હતો. જેને પગલે હવે કુલપતિ દ્વારા કમિટીની રચના કરવામાં આવી છે.
સૌરાષ્ટ્ર યુનિવર્સિટીમાં પીએચ.ડી. માં એડમિશન માટે શરૂઆતમાં નેશનલ એલિજિબિલિટી ટેસ્ટ પાસ કરી હોય તેવા વિદ્યાર્થીઓને જ પ્રવેશ અપાશે તેવું જાહેર કરવામાં આવ્યું. જોકે બાદમાં નેટની પરીક્ષા પાસ થયેલા વિદ્યાર્થીઓ ખૂબ જ ઓછા હતા. જેને લીધે 224 માંથી 171 જેટલી સીટ ખાલી રહી અને તેને કારણે ઇન્ચાર્જ કુલપતિ ડૉ. કમલ ડોડિયા અને કુલસચિવ ડૉ. રમેશ પરમાર દ્વારા GSET ( ગુજરાત સ્ટેટ એલિજિબિલિટી ટેસ્ટ) અને JRF ( જુનિયર રિસર્ચ ફેલોશીપ) ની પરીક્ષા પાસ કરી હોય તેવા વિદ્યાર્થીઓને પણ સમાવવા માટેનો નિર્ણય કરવામાં આવ્યો જોકે તેમાં અગાઉ પીએચ.ડી.ની પ્રવેશ પરીક્ષામાં પાસ થયેલા અને ગાઈડના અભાવે પ્રવેશ ન મેળવી શકનારા વિદ્યાર્થીઓને અન્યાય થયો. જેથી વિદ્યાર્થીઓની આ સમસ્યાને ધ્યાનમાં રાખીને સૌરાષ્ટ્ર કોંગ્રેસ પ્રવક્તા અને વિદ્યાર્થી નેતા રોહિત રાજપૂત દ્વારા યુનિવર્સિટીમાં તાળાબંધીનો કાર્યક્રમ કરવામાં આવ્યો. જેમાં કુલપતિને ખોટા સલાહકારોથી બચવા માટે સૂચન આપતું પોસ્ટર બતાવવામાં આવ્યું.